穿越到遊戲世界裡的主角，變成了一個叫做克莉絲多的遊戲配角，在她尋找著離開遊戲世界的方法時，卻已經在不知不覺中成為了遊戲裡的劇情、角色，而在她尋找離開遊戲的方法時，一個被稱為魔神的小男孩出現在她面前，並且指稱她是「公主」，讓完全搞不清楚狀況的主角陷入了困惑之中。同時，她也從魔神的口中得到離開這個遊戲的關鍵方式──就是殺了魔神，讓遊戲進入結局。
但是，主角怎麼可能真的殺害一個小孩子呢？
於是主角決定尋找其他方式來離開遊戲，不過被校長抓住把柄的她，卻不得不與利奧踏上了遊戲的劇情之路，成為他的夥伴，陪他打敗魔神。雖然校長總是利用她的力量來替學校解決委託事件，但在這之中，校長卻也提供了她新的線索。
──那就是，找出隱藏在這款遊戲裡面的製作人。
只要找到遊戲的製作人，那麼就等於是得到這款遊戲的秘笈，更可以從製作人的口中知道她為什麼會來到這個遊戲世界裡的原因，同時也能知道更多關於魔神事情。於是，主角對於離開遊戲世界的信心又增加了不少。
可是，製作人卻是不好找的，而且就算找到了，個性也截然不同到她想殺人。雖然這些製作人都是很自大、狂妄，個性古怪的人，但是卻都還是告訴主角回去的方式──那就是必須找到「憑證」。只要有憑證的話，就可以自由進出這款遊戲，但是如果想要永遠離開這款遊戲的話，就必須要找另外一個人接觸憑證，讓那個人代替自己進入遊戲裡面。這個方式也不是最好的，因為要得到自由的話，就等於是必須找個替死鬼，這樣一來，根本就不是最好的方式。
而在尋找製作人的過程中，主角更意外的發現到學生會長與魔神似乎有著什麼樣的關係在，雖然她懷疑學生會長可能是魔神的手下，但是她卻在之後從學生會長的口中聽見驚人的事實──原來學生會長也是製作人之一，而且魔神就是他創造出來的角色！
魔神就等於學生會長，學生會長就是魔神。這是主角與學生會長之間的秘密，也是在這款遊戲裡面絕對不能說出口的重要資訊。主角就這樣隱藏著這個事實，繼續與利奧等人執行任務，而在經過種種事件之後，她發現自己對利奧越來越在乎，而且，她似乎對這個遊戲世界的人物產生了另一種情感。這讓她對於離開遊戲世界的目的越來越盲目，一方面不捨得離開，一方面卻又不得不回去……而漸漸的，她發現利奧的行為與思考能力似乎也漸漸偏離了遊戲程式，擁有了自己的意識。
就在她猶豫不前的時候，遊戲也已經漸入了終章。即將要面對與魔神的決戰，但是主角卻在決戰前夕與魔神私下見面，而在與魔神交談之後，主角被魔神的話所引誘，毅然決然跟魔神做了交易。但是她卻沒想到，她的這個選擇卻造成了利奧的死亡，遊戲game over。
一切從頭開始，而除了主角以及製作人之外，所有人的記憶都歸回到原點。為了不再讓自己造成這難以挽回的後果，這次主角決定離利奧離得遠遠的……但是，遊戲的劇情卻還是會讓她遇上利奧，而她的心也還是隨著利奧而起伏。
為了不再改變遊戲設定，主角選擇遵循遊戲的設定，慢慢依照最初設定的故事劇情玩下去，而她卻沒想到，利奧的記憶卻在無意間漸漸恢復，因而造成遊戲程式錯亂，遊戲世界頓時陷入崩壞的狀況。如果遊戲世界消失的話，就等於是遊戲程式完全被抹滅，為了保有這個擁有她許多朋友存在的世界，主角決定自行離開學院，與學生會長一起前往魔神所在的地方──然而這一次，她選擇了讓自己死亡的END。
當主角醒過來之後，發現自己已經回到了原來的世界，而螢幕上面顯示著END的畫面，以及利奧等人高舉雙手歡呼的動畫。她達成了最初的目的，回到了自己的世界，同時也保住了遊戲世界的平衡，但是她的心，卻遺留在遊戲世界的另一端。不過她卻不後悔，將這場遊戲當成了一場美夢，永遠隱藏在心底。
然而事情還沒有結束。
回到現實之後，她回到了小時後待過的那間醫院，尋找那名昏迷不醒的遊戲創造者──魔神，同時也是遊戲中的學生會長。當他趕到父親的醫院時，他見到了清醒過來的魔神躺在病床上面，就像是知道他要來一樣，一邊望著窗外，一邊等待他進入病房。魔神慢慢的道出了自己創造遊戲的理由，並且將遊戲的核心晶片掏出來，因為他知道自己所剩下的時間已經不多了，而這個遊戲對他來說也已經失去了最初的意義，於是他便將晶片扔出窗外，但卻沒想到主角立刻隨著晶片之後跳出窗口。幸好，這只是二樓，而且底下是柔軟的草皮，所以主角只是腿麻了點，並沒有受傷。而看見主角如此作為的魔神，在緊張之餘也衝到窗戶邊，在看見主角平安無事之後，他鬆了口氣，同時也放棄了。
因為自己不管再怎麼努力，也不會擁有與主角一起在晴天底下遊玩的回憶。但是主角卻一點也不這麼認為，抬起頭對魔神做出了宣言──
「看著吧，我絕對會醫好你的病。」
